1. Rebus ayam dengan air, serai, daun jeruk purut, daun salam, lengkuas, jahe, kunyit, garam, dan merica hingga ayam empuk. Angkat ayam dan suwir-suwir.
2. Saring kaldu ayam dan sisihkan.
3. Untuk membuat koya, campurkan kerupuk udang halus, bawang putih goreng halus, dan tepung tapioka. Aduk rata.
4. Ambil kaldu ayam secukupnya dan didihkan. Masukkan koya sedikit demi sedikit sambil terus diaduk hingga membentuk gumpalan-gumpalan kecil. Masak hingga koya mengapung.
5. Tata suwiran ayam dalam mangkuk. Siram dengan kaldu koya.
6. Sajikan soto ayam madura dengan bawang goreng, daun bawang iris, sambal, dan jeruk nipis sesuai selera.