1. Rebus ceker ayam dalam air bersama dengan garam, gula pasir, merica bubuk, ketumbar bubuk, jinten bubuk, serai, daun salam, daun jeruk, lengkuas, dan jahe hingga ceker empuk, sekitar 45 menit.
2. Panaskan minyak goreng dalam wajan. Tumis bawang putih hingga harum. Masukkan tomat dan wortel. Tumis hingga layu.
3. Masukkan tumisan bawang putih dan sayuran ke dalam rebusan ceker. Aduk rata.
4. Masak hingga wortel empuk.
5. Koreksi rasa. Tambahkan garam, gula pasir, atau merica bubuk sesuai selera.
6. Taburkan daun bawang dan bawang goreng di atas soto ceker.
7. Sajikan soto ceker madura dengan nasi hangat.