1. Cuci bersih bagian daging sapi, kaki sapi, paru sapi, dan babat sapi. Rebus dalam panci dengan air yang cukup hingga empuk.
2. Tumis bawang merah dan bawang putih hingga harum dalam minyak goreng. Masukkan serai, daun salam, dan daun jeruk. Tumis hingga layu.
3. Masukkan tumisan bumbu ke dalam panci berisi daging sapi. Tambahkan merica bubuk, ketumbar bubuk, dan garam. Aduk hingga rata.
4. Rebus kembali hingga air mendidih dan bumbu meresap. Koreksi rasa.
5. Untuk membuat kuah bening, saring kaldu daging sapi ke dalam panci lain. Buang bagian ampas dagingnya.
6. Didihkan kuah dengan menambahkan air secukupnya. Tambahkan garam sesuai selera.
7. Susun ketupat atau lontong dalam mangkuk. Tambahkan daging sapi, kaki sapi, paru sapi, dan babat sapi.
8. Siram dengan kuah bening panas.
9. Beri pelengkap seperti tauge, bawang goreng, daun bawang, sambal, dan kecap manis sesuai selera.
10. Soto Bogor bening siap disajikan.